Un tipo particolare di ipogonadismo è quello legato alla cosiddetta amenorrea ipotalamica, cioè alla situazione in cui si ha una mancanza di mestruazioni (amenorrea) senza che vi sia né una lesione dell'ipofisi, dell'ipotalamo o delle ovaie né una qualunque altra disfunzione ormonale.
Questo fenomeno è frequente soprattutto nelle donne giovani (colpisce quasi sempre donne sotto i 25 ani) e può essere causato da tre tipi di fattori:
problemi psicologici, dovuti ad es. a grave ansia o a forte stress (lutti, problemi sentimentali);
perdita di peso o problemi nutrizionali, dovuti ad es. a una dieta drastica o ad anoressia;
eccesso di attività fisica, dovuto ad es. al praticare alcuni sport agonistici o la danza.
Molto spesso questi tre tipi di problemi si intrecciano: l'anoressia è una malattia psichiatrica prima che organica e si accompagna spesso a un eccesso di attività fisica (superlavoro, sport agonistico); analogamente lo sport agonistico comporta spesso sia diete drastiche sia situazioni di grande stress psicologico (ansia da prestazione ecc.).
In tutti questi casi si può verificare uno squilibrio del sistema ormonale che causa una riduzione degli ormoni sessuali, fino alla totale inibizione dell'attività endocrina e dunque alla scomparsa delle mestruazioni. Non è chiaro quale sia esattamente il meccanismo per cui questo avviene; quel che è certo è che una condizione di grave deperimento fisico o di forte disagio psicologico può alterare il complicato meccanismo che regola il sistema riproduttivo arrivando a bloccarlo.
E' importante sottolineare che stiamo parlando di casi in cui si ha una scomparsa dell'ovulazione e delle mestruazioni (condizione che ovviamente rende impossibile il concepimento), non di casi in cui l'infertilità si accompagna a cicli regolari e normalmente ovulatori. Per quanto riguarda le possibili cause psicologiche dell'infertilità, v. Cause dell'infertilità 3.
La diagnosi dell'amenorrea ipotalamica si fa essenzialmente tramite una visita e i dosaggi ormonali. Spesso il medico individua la causa del problema in base ai sintomi più evidenti (mancanza di mestruazioni, estrema magrezza) e all'anamnesi, ma è sempre necessario fare degli esami per escludere altre possibili cause di amenorrea. I dosaggi ormonali mostrano tipicamente un bassissimo livello degli estrogeni e delle gonadotropine (in particolare dell'LH), mentre la prolattina e gli ormoni tiroidei sono spesso normali. Se l'anoressia dura da molto tempo l'ecografia può mostrare un utero rimpicciolito a causa dell'assenza di estrogeni.
Poiché il problema non ha cause organiche la terapia dovrebbe essere anzitutto psicologica. Gran parte dei medici ritiene perciò che i farmaci induttori dell'ovulazione (clomifene e gonadotropine, v. Farmaci per l'infertilità) andrebbero usati solo se la donna desidera subito una gravidanza, e che negli altri casi al massimo andrebbe somministrato dell'estrogeno per evitare i danni che può causare la carenza di questo ormone (osteoporosi, problemi alla circolazione).

L'amenorrea da stress
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